Як правило, кал збирається після акту дефекації. Необхідно виключити матеріал, зібраний після клізм, використання ректальних свічок, вазелінового масла.
Кал не повинен містити домішки сечі, води, лікарських і дезінфікуючих засобів.
Рекомендовано за 3-4 дні до здачі матеріалу дотримуватися дієти, що виключає контрастні і фарбувальні речовини, виключити прийом лікарських засобів (в тому числі антибіотики).
Біоматеріал збирається в сухий стерильний контейнер, який доставляється в лабораторію, по можливості, в найкоротші терміни. Допускається зберігання матеріалу при температурі +20 С - +30 С протягом 12 годин.